ベクターでは「全13話」と書いてあったのですが、実際には12話までしかありません。
これってバグですか？（ＵＴ）

ちゃんと13話あります。
ある条件を満たさなければ、第12話は見れません。
２周目はレベルアップ用マップを隈無く歩いてみましょう。
　（第12話を見る方法）
第５話のＬＶＵＰマップで、『包帯男』に傷薬を渡す。
第７話のＬＶＵＰマップ(クラインドルフ)で『包帯男』を倒す。
第９話のＬＶＵＰマップで『ルミナス教徒Ｘ』を倒す。

『遺跡調査ノート第３巻』はどこにあるんですか？（Pingu）

第７話のＬＶＵＰマップ(ジューデンブルク)で分身した『金髪？ジョニー』を倒すと手に入りますが、１周目だと倒すのはきついです。

漁師の言う『銃器を扱うための免許』ってあるんですか？(wyrd)

２周目の第１話マップで『金髪？ジョニー』を倒した場所にもう一度行くと『金髪？ジョニー』が現れ、倒すと『銃器取扱証明書』が手に入ります。

第10話クリア後に『シヴァヒルト』が無くなってしまいます。
装備していると無くならないのですが……(wyrd)

それはアウレリアさんに取られてしまったからです。
装備していると無くならないのは、さすがのアウレリアさんも装備しているものまで取ってしまうのははばかられたからでしょう。

『サボテン』って何の役に立つんですか？(shima)

何の役にも立ちません。
単なるコレクターズアイテムです。

『エクストリームソード』って何の役に立つんですか？(shima)

それは『ＥＨ』最大の謎なので、近日中に完成予定の攻略ページで答えたいと思います。

エオース(黒騎士)が倒せません。(ohara)

エオース君との戦闘は計４回あり、うち３回は強制的に戦闘が終わるので、まともに戦うのは『歪』出現以後の４回目だけです。
しかし、『歪』に触れるか触れないかで分岐するので、もしも触れなかった場合はパワーアップせずに激強エオース君と戦うことになり、倒すのはまず不可能です。仮に倒したとしても、ゲームオーバーになります。 また、『歪』に触れてパワーアップした場合でも、回復アイテムを持っていないと多分勝てません。
前話に戻ってやり直すしかないでしょう。
また、第12話でも高級精力剤をいくつか持っていないと、ハマってしまうので注意しましょう。
ちなみにミルス君は『オニキス』を装備していると、ノクトルーオが効かなくなります。